1.) Nemocničný pavilón sv. Ján:
pavilón je jadro a stavebne najstarší objekt v komplexe nemocnice. Rekonštrukcia tejto historickej barokovej budovy bola v podstatnej časti predmetom druhej etapy (začiatok 7/2002, dokončenie 6/2003).
Pavilón je pomenovaný po sv. Jánovi z Boha, zakladateľovi Rehole Milosrdných bratov.
2.) Nemocničný pavilón Fabián:
pavilón je umiestnený na rohu Treskoňovej a Kolárskej, na mieste asanovaných budov a pôvodného dvora. Pavilón je pomenovaný po provinciálovi Fr. Fabiánovi Máčejovi, O.H., ktorý obnovil činnosť Rehole na Slovensku po roku 1989, otvoril prvú neštátnu nemocnicu na Slovensku a pripravil koncepciu jej generálnej rekonštrukcie.
3.) Nemocničný pavilón Pavol:
pavilón je umiestnený pozdĺž Kolárskej ulice, čiastočne na mieste pôvodného dvora. Pavilón je pomenovaný podľa priora Fr. Pavla Piglera, O.H., ktorý pred 330 rokmi otvoril prvú Nemocnicu Milosrdných bratov v Bratislave.
Základná orientácia o umiestnení najdôležitejších prevádzok:
Nemocničný pavilón Fabián:
1. nadzemné podlažie: rádiodiagnostika, rehabilitácia, pohotovostné ambulancie, internistická ambulancia, chirurgické ambulancie, ambulantná operačka.
2. nadzemné podlažie: odborné ambulancie, funkčná diagnostika.
3. nadzemné podlažie: operačné sály, intenzívna starostlivosť (OAIM), denná chirurgická klinika, ambulantná onkológia vrátane dennej chemoterapie.
4. nadzemné podlažie: lôžkové chirurgické oddelenie.
Nemocničný pavilón Pavol:
1. podzemné podlažie: garáže, technika.
1. nadzemné podlažie: garáže, technika.
2. nadzemné podlažie: laboratórium, odborné ambulancie, administratíva.
3. nadzemné podlažie: lôžkové interné oddelenie.
4. nadzemné podlažie: záhrada.